Tohle je otravná chybová hláška, ale její řešení je jednodušší, než si myslíte.
Kubectl kustomize vám vyexportuje .yaml konfiguráky pro jednotlivá prostředí, odkud to následně čte Argo.
Problém je, že od verze 3.0.x a pozdějších, musíte uvést v patchovacím souboru i namespace, pokud ho máte uveden v původním konfiguráku.